1、蓝色（350-450nm处激发）
CF 350、Alexa Fluor 350、AMCA等----亮蓝和紫外光激发；
CF350是类似于Alexa Fluor 350和传统荧光染料AMCA的蓝色荧光染料，CF350的荧光强度高于Alexa Fluor350、AMCA , 吸附在蛋白上的荧光超过50%, 水溶性耐光性较好 ,容易与现有的绿色荧光基团区分；
CF 405S/CF 405 M、Alexa Fluor 405 ----科研可以匹配蓝色二极管激光器；
CF 405S/CF 405 M、Alexa Fluor 405与近来使用的荧光显微镜和流式细胞仪405nm;谱线的蓝色二极管激光器匹配。在流式细胞仪上的分析结果显示CF 405S/ CF 405 M荧光信号强度高于Alexa Fluor 405染料1.7倍。

2、绿色（488nm处激发）
CF 488A、Alexa Fluor 488、FITC、FAM、DyLight 488、Cy2等----针对488nm 氩离子激光器的绿色荧光染料；
以上染料其标记的抗体蛋白适用于配备488nm氩离子激光器的流式细胞仪；流式细胞仪的FL1通道检测；或者可用于荧光显微镜技术；
CF 488A的带电量降低了与抗体耦联物的非特异性结合；在红色通道溢出少于Alexa Fluor 488；耐光性好；水溶性好和pH 不敏感；良好的稳定性和活性染料的标记率。
Alexa Fluor 488在较宽的PH值范围内保持稳定（PH4~10）；
FITC激发波长488nm，发射波长峰值525nm；缺点荧光强度易受PH值影响，PH值降低时其荧光强度减弱。

3、橙红色（543-555nm处激发）
CF 543、Alexa Fluor 546、ATTO550, Cy 3, DyLight 549, Rhodamine (TRITC) 匹配543nm的橙色荧光染料；
CF ™543 荧光条带明亮，耐光，水溶性好，确保了CF 543染料与抗体的耦联物保持优异的水溶性，为该波段较亮的橙色荧光染料。

CF 555、Alexa Fluor 555、Tetramethylrhodamine (TAMRA) 等匹配Cy3滤光片的橙色荧光染料。

4、红色（568-594nm处激发）
CF 568、Alexa Fluor® 568, ATTO 565, Rhodamine Red等568nm处红色荧光染料；
CF 568染料耐光性较好；水溶性较好；比Alexa Fluor 568 标记的抗体亮度更亮；
CF 594、Alexa Fluor® 594, ATTO™ 594, DyLight™ 594, Texas Red 等亮红色荧光染料；
CF594由于其较高量子产量和水溶性而比AlexaFluor594 明亮2~4倍。同时CF594对光稳定，使它能应用于共聚焦显微镜和单分子显像中。