大分子分子化合物的相对分子质量是超过10000的化合物，通常以有机物为多数，例如蛋白质，糖类。不包含脂质无机化合物代表主要有高分子聚合物。 

点击化学是生物正交反应的一种，主要有以下几个特点：温和的溶剂，无害的副产物，不需要高温高压，产率高。点击化学可以修饰大分子化合物。

点击化学在大分子化合物合成中的应用:

(1）树枝状化合物的合成

在富勒烯C60表面进行click-click双点击化学反应，在其表面结合上不同种类的化合物。Autruc等采用电极反应制备出聚乙二醇树枝状化合物,并将其覆盖在金纳米颗粒表面，可改善金纳米颗粒的分散性。通过点击化学反应制备了具有不同结构的三臂树枝状分子。

(2）生物大分子的合成(原位点击法)

采用多个模块合成炔基化合物，然后与叠氮化合物发生点击化学反应，将其组装成1,4取代的1,2,3-三唑环化合物，一种类似于脯氨酸的结构。采用原位点击法合成一种类似于蛋白质捕获物质的抗体，利用该方法制备捕获物质时，并不需要优先考虑它对目标蛋白质的亲和能力，而且原位点击反应能提供一个很大的识别空间，识别结果也很容易重现。