如何选择合适的荧光标记基团取决于您的实验需求。药理学实验研究基本分为体内研究和体外研究两大类。

对于体内研究，一般选择发射波长在650-900nm的荧光基团，例如：ICG、Cy5.5和 Nile Blue。这是因为这类基团所发出的荧光具有较好的组织穿透能力，受背景干扰较小(水、血红蛋白和脱氧血红蛋白一般都会产生背景干扰吸收，其区域在560nm左右)。

对于体外研究，发射波长在400到600nm的荧光基团***为常用，例如：AMC、FITC和TAMRA。

荧光标记的多肽在现代医学中的应用是很广泛的。例如：用Cy5.5标记的目标多肽研究对 c-Met受体的绑定作用。有人设计含有KSLSRHDHIHHH序列的cMBP，其C端为GGGSC， C端Cys用 Cy5.5-Maleimide标记其巯基侧链。研究结果表明：上述Cy5.5-cMBP多肽与U87MG肿瘤细胞共孵24小时后，具有较高的癌细胞摄取值，其响应浓度在纳摩尔级别。