多肽合成是一个重复添加氨基酸的过程，固相合成顺序一般从C端(羧基端)向N端(氨基端)合成。过去的多肽合成是在溶液中进行的，称为液相合成法。现在多采用固相合成法，从而大大的减轻了每步产品纯化的难度。为了防止副反应的发生，参加反应的氨基酸的侧链都是被保护的，而羧基端是游离的，并且在反应之前必须活化。

多肽化学合成方法有两种，即Fmoc合成法和Boc合成法。

Boc合成法

Boc合成法是采用TFA(三氟乙酸)可脱除的Boc(叔丁氧羰基)为α-氨基保护基，侧链保护采用苄醇类。合成时 将一个Boc氨基酸衍生物共价交联到树脂上，用TFA脱除Boc，用三乙胺中和游离的氨基末端，然后通过DCC活化，偶联下一个氨基酸，***终脱保护多采用 HF法或TFMSA(三氟甲磺酸)法。用Boc法已成功地合成了许多生物大分子，如活性酶、生长因子、人工蛋白等。

在Boc合成法中，反复地用酸来脱保护，这种处理带来了一些问题：如在肽与树脂的接头处，当每次用50%TFA脱Boc基时，有约1.4%的肽从树脂上脱 落，合成的肽链越长，这样的损失越严重;此外，酸处理会引起侧链的一些副反应，Boc合成法尤其不适于合成含有色氨酸等对酸不稳定的肽类。

Fmoc合成法

与Boc合成法的根本区别在于采用了碱可脱除的Fmoc(9-芴甲氧羰基)为α-氨基的保护基，侧链的保护采用TFA可脱除的叔丁氧基等，树脂采用90%TFA可切除的对烷氧苄醇型树脂，***终的脱保护避免了强酸处理。