溶解多肽是非常复杂的事情，一般很难一下子确定合适的溶剂。通常是先取一点试验，在没有确定合适的溶剂前千万不要全部溶解。

下列方法有助于您选择合适的溶剂：

(1) 判定多肽的电荷特定，设定酸性氨基酸Asp(D), Glu(E)和C端COOH为-1; 碱性氨基酸Lys(K), Arg(R), His(H)及N端NH2为+1, 其它氨基酸的电荷为0。计算出将电荷数。

(2) 如果净电荷数>0，多肽为碱性，用水溶解：如果不溶解或溶解性不大，加入醋酸(10%以上); 如果多肽还不能溶解，加入少量TFA(25ul)溶解，然后加入500ul水稀释。

(3) 如果净电荷数<0，多肽为酸性，用水溶解; 如果不溶解或溶解性不大，加入氨水(25ul)溶解，然后加入500ul水稀释。

(4) 如果净电荷数=0，多肽为中性，一般需要用有机溶剂如乙腈，甲醇或异丙醇，DMSO等溶解。还有人建议需要尿素来溶解疏水性很大的多肽。

多肽的溶解性很大程度上取决于多肽的极性。酸性的蛋白溶解于碱性溶液，而碱性蛋白可溶解于酸性溶液，含有大量不带电荷的极性氨基酸残基或疏水性氨基酸的疏水性多肽和中性多肽可先溶解于少量有机溶剂中，如DMSO、DMF、醋酸、乙腈、甲醇、丙醇或异丙醇，然后加水(蒸馏水)稀释。含有甲硫氨酸或半胱氨酸的多肽不能用DMSO溶解，因为DMSO可能造成侧链氧化。

多肽溶解测试：在多肽溶解之前先取小部分进行多肽溶解测试，您需要测试几种不同的溶剂，直到找到***适当的一种(根据实验需求及溶解性实验确定)。超声处理有助于打碎颗粒并增加溶解度。(注意: 超声处理会引起溶液发热和多肽降解。)