流式细胞学的发展，重要的促进力量是抗体，其次就是与仪器检测能力配套的荧光染料。流式基本的荧光染料有藻红蛋白PE、别藻蓝蛋白APC、有机小分子FITC。

1、有机小分子

有机小分子其实就是FITC（分子量389 Da）、Alexa Fluor 488（FITC类似物，分子量643 Da）、Texas Red（TxRed，分子量625 Da）、Alexa Fluor 647（分子量1155 Da） 、Pacific Blue（分子量242 Da）和Cy5（分子量762 Da）。

2、藻红蛋白PE

藻胆蛋白（Phycobiliproteins）是从蓝藻、鞭毛藻等藻类中提取的大蛋白分子，例如藻红蛋白（PE）的分子量为240,000 Da。这些蛋白质具有较大的斯托克斯位移（75-200 nm），并且具有稳定的发射光谱。由于藻胆蛋白较大，因此它们在结合过程中通常具有1：1的蛋白质与荧光染料比率，因此对于定量流式细胞术非常有用。

3、别藻蓝蛋白APC

别藻蓝蛋白（Allophycocyanin, APC)是藻胆蛋白的一种，是从蓝绿藻中分离纯化的，能发出强烈的荧光，具有很好的吸光性能和很高的量子产率，在可见光谱区有很宽的激发及发射范围。

4、苦瓜素叶绿素蛋白PerCP

苦瓜素叶绿素蛋白PerCP具有较高的淬灭系数、量子能效和斯托克位移。在488nm它被氩激发激发，伴随着在677nm处出现发射光波峰。PerCP通常用于荧光免疫标记，特别是在荧光激活细胞分拣术（FACS）。