别藻蓝蛋白（Allophycocyanin, APC)和藻红蛋白(Phycoerythrin,PE)一样，都是藻胆蛋白的一种。别藻蓝蛋白是从蓝绿藻中分离纯化的，能发出强烈的荧光，具有很好的吸光性能和很高的量子产率，在可见光谱区有很宽的激发及发射范围。

别藻蓝蛋白（Allophycocyanin, APC)做为常用的流式荧光染料，具有其特别的优势：

1、在较宽的 PH 范围内具有较宽的吸收光谱，比较容易选择合适的激发波长，从而得到高效荧光发射，且激发时有特异的荧光发射峰；

2、吸光度和荧光量子产率很高，荧光强而稳定，灵敏度高；

3、具有较小的荧光背景，不易淬灭，荧光保存期较长；

4、水溶性良好，易与其他分子交联结合，非特异性吸附少。

别藻蓝蛋白应用：

1、与易与抗体、生物素、亲合素、免疫蛋白等物质结合，制成荧光探针。

2、用于免疫荧光、免疫组化、流式细胞术及活体成像实验。

别藻蓝蛋白偶联物通常用于流式分析、基因芯片和ELISA实验，由于光淬灭特别快，很少用于荧光显微镜检测。