菁染料作为荧光标记的寡核苷酸主要用于分子诊断中的探针制备，例如real-time PCR、荧光原位杂交(FISH)、以及基于表面增强共振拉曼光谱(SERRS)的DNA检测。它们的发射光谱可以通过改变聚甲炔链的长度来调节，并且可以通过芳环上的取代基来改变它们在有机或水性溶剂中的溶解度。

***常用的亚磷酰胺染料是Cyanine-3 (Cy3 MMTr CE Phosphoramidite)和Cyanine-5 (Cy5 MMTr CE Phosphoramidite)。这些染料通常在合成过程中连接到寡核苷酸的5'端，但也很容易掺入序列中间。羟基保护基MMT的去除方式与DMTr保护基相同。由于结构中缺少杂环碱基，掺入序列中间并不常见，而且不具备参与碱基配对的能力——会使形成的双链不稳定。