DNA作为遗传信息的携带者和基因表达的物质基础，在生物体的生长、发育、衰老、遗传和变异等生命过程中起着极为重要的作用。 目前测定DNA的分析方法有很多种，其中荧光探针技术是一种借助高灵敏度光学检测设备在分子水平上进行实时监测的重要技术手段，具有操作简单、灵敏度高、选择性好、可视性强、适应环境能力强等特点，在生物学分析中受到了人们的广泛关注和研究。荧光标记DNA片段包括荧光标记寡核苷酸探针和荧光标记长片段DNA探针。近年来，用荧光染料对探针进行非放射性标记受到很大重视，并取得了迅速发展，广泛应用于核酸序列测定、基因检测以及疾病诊断等。

荧光基团

1、荧光素标记

寡核苷酸标记荧光素类染料的方法有多种，且标记的选择多样化，跟芳香环的氯化程度有关——这决定了染料的荧光发射。衍生自单异构体6-羧基荧光素的6-FAM CE Phosphoramidite、6-HEX CE Phosphoramidite和6-TET-CE Phosphoramidite均可用于寡核苷酸5’端的有效标记。

2、菁染料Cyanine dyes

菁染料作为荧光标记的寡核苷酸主要用于分子诊断中的探针制备，例如real-time PCR、荧光原位杂交(FISH)、以及基于表面增强共振拉曼光谱(SERRS)的DNA检测。它们的发射光谱可以通过改变聚甲炔链的长度来调节，并且可以通过芳环上的取代基来改变它们在有机或水性溶剂中的溶解度。

***常用的亚磷酰胺染料是Cyanine-3 (Cy3 MMTr CE Phosphoramidite)和Cyanine-5 (Cy5 MMTr CE Phosphoramidite)。这些染料通常在合成过程中连接到寡核苷酸的5'端，但也很容易掺入序列中间。羟基保护基MMT的去除方式与DMTr保护基相同。由于结构中缺少杂环碱基，掺入序列中间并不常见，而且不具备参与碱基配对的能力——会使形成的双链不稳定。