在进行流式细胞仪多色分析时，如果想得到理想的分析结果，就需要选择好抗体的荧光搭配。考虑的影响因素有以下几点。

1. 荧光素的荧光强度

荧光标记抗体可以区分抗体的阴性与阳性结果，而荧光素的光量子释放能力不同，相对荧光强度不一样，一般用染色指数（staining index）来比较不同荧光标记的光信号强度。染色指数是阳性信号和阴性信号差异与阴性峰分布宽度比值，是判断该荧光染料辨别弱阳性表达的能力。

2. 非特异性结合

荧光标记的抗体会表现出低水平的非特异性结合，就会造成阴性细胞的荧光水平升高。根据不同型号选择适当的荧光抗体（激光功率和波长）；对于低表达密度的抗原，应该选择更亮的荧光染料；做多色分析时，要选择荧光波普间的光谱重叠较小的荧光染料进行组合，同时需要正确的调整补偿。

3. 荧光补偿的调节

当携带两种或者以上荧光素（比如PE和FITC），受激光激发而发射两种以上不同波长的荧光时，可选择滤片使每种荧光仅被相应的检测器检测到，而不会检测到另外一种荧光。