1、AMC修饰多肽
7-氨基-4-甲基香豆素（AMC）是一种应用较广的荧光标记试剂，例如，酶的痕量测定，酶的鉴定，激光染料的制备等多种用途，此外，C端用香豆素修饰的泛素分子也是研究蛋白质泛素化过程的重要探针。

与其他荧光染料不同的是，AMC修饰多肽分子是从C端进行：（1）AMC与肽链C端氨基酸反应;（2）固相合成整条肽链（从第二个氨基酸开始），并且保留整条肽链的侧链保护基和一个氨基保护基；（3）液相缩合AA-AMC与全保护的肽链；（4）切除保护基，完成肽链的修饰。

2、5-FAM修饰多肽

通常用于激光共聚焦显微镜和流式细胞技术的运用。

3、Rhodamine B（罗丹明 B）修饰多肽

罗丹明B是众多罗丹明染料中的一种，用于荧光测定。

4、5-TAMRA 修饰多肽

5-TAMRA是用于标记肽和蛋白质的流行的橙色荧光团之一。

5、Cy修饰多肽

Cy中的Cy3 and Cy5 是高消光系数的染料。因此，它们特别适用于细胞内敏感的多肽定位实验。它们的缺点是在多肽合成的环境中非常的不稳定，因此合成的量相对低。

小结：多肽荧光标记由于没有放射性，实验操作简单。因此，目前在生物学研究中多肽荧光标记应用非常较广，多肽荧光标记方法与荧光试剂的结构有关系，对于有游离羧基的采用的方法与接多肽反应相同，也采用HBTU/HOBt/DIEA方法连接。在N端标记FITC的多肽需经历环化作用来形成荧光素，通常会伴有氨基酸的去除，但当有一个间隔器如氨基己酸，或者是通过非酸性环境将目的多肽从树脂上切下来时，这种情况可避免在切割的过程中被TFA切割掉。