多肽标记及多肽修饰的内容非常多，常用的有N 端标记或修饰、N 端荧光素修饰、光敏剂修饰、N 端脂肪酸修饰、C 端标记或修饰、磷酸化标记、二硫键成环环化、赖氨酸修饰、高氨基酸修饰、PEG修饰、单标、双标、叠氮修饰、Mal修饰、N-Me修饰等。 

1多肽荧光标记

多肽荧光标记由于没有放射性，实验操作简单。因此，目前在生物学研究中多肽荧光标记应用非常较广，多肽荧光标记方法与荧光试剂的结构有关系，对于有游离羧基的采用的方法与接多肽反应相同，也采用HBTU/HOBt/DIEA方法连接。在N端标记FITC的多肽需经历环化作用来形成荧光素，通常会伴有一个氨基酸的去除，但当有一个间隔器如氨基己酸，或者是通过非酸性环境将目的多肽从树脂上切下来时，这种情况可避免在切割的过程中被TFA切割掉。

2多肽生物素标记

生物素-亲合素系统 (biotin-avidin system，BAS)，应用于免疫学，并得到迅速发展的一种生物反应放大系统。由于它具有生物素与亲合素之间高度亲和力及多级放大效应，并与荧光素、酶、同位素等免疫标记技术有机地结合，使各种示踪免疫分析的特异性和灵敏度进一步提高。主要有用于标记多肽氨基的生物素N-羟基丁二酰亚胺酯(BNHS)和生物素对硝基酚酯(pBNP)，其中以BNHS较为常用，当然，也可以直接使用生物素也可以标记，因为其结构上有个游离的羧基，采用HBTU/HOBt/DIEA方法缩合，由于生物素的溶解度低，使用DMSO/DMF的混合溶剂增加溶解度。

应用在多肽合成药物、多肽生物学、多肽抗体以及多肽合成试剂的研究中。目前应用较广的有：非放射性核素标记（C13，H2，N15），荧光标记（FAM，FITC等），生物素标记，磷酸化修饰等。